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如何保持菌种的稳定性是从事微生态制剂研究和生产面临的最实际的问题。
对微生态制剂来说，主要指对特定环境的耐受力如温度、湿度、酸度、机械磨擦和挤压以及室温条件下的存贮时间等对微生态制剂活性的影响;而对饲用微生态制剂，必须经受饲料加工过程中高温的考验，所以菌种对温度的稳定性显得尤为重要。
不同的菌种的高温的耐受力差异较大，芽胞杆菌耐受力最强，100℃下2min损失只5%～10%，而在80℃下5min，乳酸杆菌、酵母菌损失70%～80%，95℃下2min损失98%～99%。
一般制粒80℃～100℃对芽胞杆菌影响较小，对乳酸杆菌、酵母菌和粪链球菌等影响较大;就耐水性，孢子型细菌耐受性最好，肠球菌、粪链球菌次之，乳酸杆菌最差;
除耐酸性的芽胞杆菌和乳酸菌外，一般的活菌制剂在胃酸作用下大量被杀死，残存的少量活菌进入肠道后很难形成菌群优势，因此，不耐酸的活菌制剂其含菌量必须达到相当大的浓度才能发挥益生作用。
除此以外，饲料的保存时间、饲料中的矿物质和不饱和脂肪酸也会影响益生菌的活力。
微生物学家在如何增加制剂的稳定性方面做了大量研究，美国Alltech生物中心研制出益生素囊，试验证明，这种用β-葡聚糖微囊化的产品在室温下保存36个月对活力无影响。
另外基因工程技术已广泛应用于益生菌的选育，如运用基因工程技术构建更利于生产、保存、定植、繁殖或具有特殊功能的工程菌制剂。
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