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微生态制剂为活菌制剂，影响作用效果的因素很多，使用时要注意：(1)应用时间要早。根据先入为主的理论，通过先入菌的占居性控制，减少或阻碍病原菌的定居。(2)禁止与抗生素、杀菌药、消毒药或具有抗菌作用的中草药同时使用，否则会杀死或抑制其中的活菌，减弱或失去微生态制剂的作用。(3)微生态制剂的预防效果好于治疗，作用发挥较慢，故应长时间连续饲喂，才能达到预期效果。(4)根据目的不同，使用时要有所选择。如治疗腹泻时，最好选用肠道中占优势的菌群制成的微生态制剂，如乳酸杆菌、双岐杆菌。(5)要注意活力和数量。微生态制剂必须含有一定量的活菌，一般要求3亿个左右活菌体，且活力要强。(6)要注意制剂的保存期。大量试验表明，随制剂保存时间的延长，活菌数量逐渐减少，即意味着其作用越来越少。(7)注意一些不利因素对菌种的影响。如乳酸杆菌不能耐受高温，故微生态制剂一般要求在常温、干燥处保存。(8)微生态制剂对雏鸡的作用效果好，可帮助它们尽早建立健全肠道正常的微生物区系。(9)要注意，在家禽应激之前及之后2～3天投喂微生态制剂效果最好，可有效地预防微生态菌群失衡或使被破坏或失调的生态平衡得以恢复。
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