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微生态系统是由正常微生物群与其宿主的微环境（组织、细胞、代谢产物）两类成分所组成。是指在一个环境中的原生动物的竞争与捕食的关系。
在这一环境里的所有的生物与微生物之间都是相互依存、相互作用、相互竞争的有机体，它们在长期进化过程中形成的能独立进行物质、能量及基因（即信息）相互交流的统一的生物系统，它们相互作用以达到生态平衡。
当微生物群、宿主或外界环境因素等发生显著变化，将会导致微生态平衡被破坏，微生态平衡一旦被破坏，最常见的表现方式就是菌群失调。
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